Nella Basilica la statua del Santo è posta nel presbitèrio.
Questa immagine fissa una iconografia caratteristica che mostra un Marino anziano rivestito con la dalmatica dei diaconi e in mano il cartiglio con la scritta Libertas sopra il profilo delle tre torri.
La libertà fiorisce dalla sintesi dei valori religiosi e civili. I Capitani Reggenti, massime Autorità della Repubblica, nelle solenni liturgie prendono posto sul trono secentesco, posto a sinistra dell’altare.
Nell’alto Medioevo il corpo di Marino fu nascosto per timore di furti. Fu ritrovato nel 1586 dall’Arciprete Marino Bonetti in un’urna di marmo d’Istria nascosta sotto il pavimento della Basilica.
Il 26 settembre 1713 si fece una ricognizione: le reliquie furono poste in un’urna dentro l’altar maggiore dove si trovano ancor oggi, mentre una parte del cranio è custodita in un artistico busto reliquiario, collocato in una nicchia marmorea a destra dell’altare.
In risposta alla preghiera dell’arcivescovo di Antivari, una costola è stata donata nel 1595 all’isola di Arbe, terra d’origine di Marino.
Quando Marino salì sulla sommità del Titano, costruì un’abitazione per sé e una chiesa dedicata a San Pietro: la troviamo accanto all’attuale Basilica.
L’abside è costituita dalla viva roccia nella quale sono scavate due nicchie che la tradizione indica come i letti di Marino e Leo.